政治上，巴州拥有一院制议会（Landtag），并实行普选制度。州政府是最高行政机构，由州长、部长及国务秘书组成，在立法权限内制定方针政策。州政府下属9个职能部门。巴州主要政党有基督教社会联盟、社会民主党、自由选民党、绿党和自由民主党，其中基社盟为现德国联邦执政党基督教民主联盟的姊妹党，其活动范围仅限于巴州。从1946年开始，基社盟是巴州实力最强的政党，1957年至今连续保持执政党地位。在2018年10月举行的州议会选举中，基社盟虽然以37.4%得票率保持最大党地位，但需和“自由选民”党联合执政。现任州长马库斯·索德尔（基社盟），议长伊泽·艾格纳（基社盟）。

　　巴伐利亚共设七个行政区，即：上、下巴伐利亚区，上、中、下弗兰肯区，施瓦本和上普法尔茨区，共有71个县和25个县级市。