巴州实行议会民主制。议会制度在该州有很长的历史传统，第一部宪法于1918年问世，1946年12月1日全民投票通过的第三部宪法至今依然有效。州议会具有通过立法的权限和进行议会监督的责任，其成员由选民通过自由平等的选举直接产生。州政府是最高行政机构，由州长、部长及国务秘书组成，在立法权限内制定方针政策。州政府下属10个职能部门。巴伐利亚共设七个行政区，即：上、下巴伐利亚区，上、中、下弗兰肯区，施瓦本和上普法尔茨区，共有71个县和25个县级市。

　　德国基督教社会联盟（CSU）是巴州最大的政党，自1966年起一直单独执政。现任州长为君特·贝克施泰因，州经济、交通和技术部部长为埃米丽亚·米勒女士。